天然のクローン
無性生殖は、原則としてクローンを作る。 単細胞生物の細胞分裂は当然クローンとなる。有性生殖をするまで、群落は1つのクローンである。 植物では栄養生殖がある。匍匐茎をのばして増殖する植物は、往々にして群落を形成するが、それらは同一のクローンから構成される。竹林はその例である。 一部の生物、特に三倍体の生物は、マクロには通常どおり種子や胞子を作っているようでも、減数分裂・融合を経ない無融合生殖を行ない、子はクローンとなる。セイヨウタンポポが有名で、広大な範囲（アメリカのいくつもの州など）に渡るクローンを形成することもある。無融合生殖によるクローンは動植物を問わず見られる。 カビでは、体細胞分裂により生殖子を作る無性生殖が広く行なわれており、クローンの子孫が生まれる。分生子を作る子嚢菌や不完全菌、胞子嚢胞子を作る接合菌類である。 アリなど、有性生殖もする個体が単為生殖している場合は、通常、減数分裂を経ており、クローンではない。
クローンと進化
クローンは、遺伝的には均質であり、遺伝子という観点からは群落というよりはむしろ1つの個体であると言え、リチャード・ドーキンスなどはクローンを1つの巨大生物にたとえている。 天然にクローンを作る種では、進化により、それに応じた適応が生まれていると考えられる。具体的には、他のクローン個体に対する利他主義や、真社会性の進化が見られると予想される。実際、雌が単為生殖により集団を作るアブラムシ類では真社会性のものが発見されているし、ヒドロ虫類など、無性生殖による群体を作るものには、分業が見られる例も多い。 適応という観点からは、親は自分のクローンのみを生めば、最も効率よく繁殖できることになる。しかしクローンは、単一の要因（伝染病、寄生虫など）により大きな被害を受ける可能性がある。このことが、クローンのみによる繁殖をする種が少ないことの一因である。歴史的には、広くクローンで栽培されていたグロスミッシェル品種のバナナが、パナマ病により絶滅した例がある。
再生医療への応用
個体全身を作製するクローンではなく、体細胞クローン技術やその途中経過である移植者自身の体細胞より発生した幹細胞を利用することで、臓器を複製し機能の損なわれた臓器と置き換えたり、あるいは幹細胞移植による再生医療も研究されている。